馬偕醫學大學課外活動組隸屬學務處，致力於推動學生多元學習與校園活力發展。主要業務涵蓋學生社團之輔導與管理，包含社團活動辦理與輔導，以及社團器材與空間之管理，協助學生建立健全且永續的社團運作機制。透過規劃與執行各類社團活動及營隊活動，豐富學生課外生活，培養領導能力、團隊合作精神、溝通表達與問題解決等關鍵軟實力，並營造多元、活潑且具凝聚力的校園文化氛圍。

除社團相關業務外，課外活動組亦負責校內外獎助學金之規劃與辦理，鼓勵學業、品德及特殊表現優良之學生持續精進，同時協助經濟弱勢學生減輕就學負擔，安心完成學業。課外活動組以學生需求為核心，整合校內外資源，營造溫馨且具教育意義的學習環境，促進學生在德、智、體、群、美五育面向之均衡發展，培育具專業素養、人文關懷與社會責任感之未來醫療與健康專業人才。